Die simple Holzhammerlösung wäre es, einfach auf die Option, mehrere Kategorien auszuwählen, zu verzichten. Damit verschwinden die Checkboxen am Anfang der Zeile und auch das Problem.
Wenn man sich partout nicht damit anfreunden kann, dass Webseiten eben keine Gemälde sind, dann sollte die Vorgehensweise bei solchen Problemchen grundsätzlich folgende sein:
1. Dafür sorgen, dass es in (einem= standardkonformen Browser(n) - Firefox 3, Opera, Safari - korrekt dargestellt wird.
2. Eventuell notwendige Korrekturen für IE6 und/oder IE7 hinzufügen.
Dazu gehört, dass man zunächst alles aus der user.css entfernt, was die Positionierung sämtlicher Elemente in einer Zeile, sprich: einem <li>-Element dieser <ul>, beeinflusst. Heißt ein Deinem Fall: Alle Anweisungen dazu in der user.css, die padding und vertical-align beeinflussen.
Nun arbeitet man sich schrittweise an eine Lösung heran, wobei das Problem hierbei schlicht das ist, dass Du es mit Inline-Elementen zu tun hast. Mal so als Leseeinstieg:
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http://www.css4you.de/Texteigenschaften ... align.html
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http://www.brunildo.org/test/va_lineheight_ibl.html
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http://phrogz.net/CSS/vertical-align/index.html
Damit kann man sich schon mal einen Sonntag versauen - oder man lässt halt einfach die Checkboxen sausen. Oder findet sich damit ab, dass es eben nicht in jedem Browser pixelgenau gleich aussieht.
YL