Ich kann mir nur vorstellen dass beim Update die Einstellugn der Option versehentlich verändert wurde oder dass eine falsche serendipity_config_local.inc.php vor dem Update eingespielt wurde
Also ich schwöre (ich weiß, Usern KANN man gar nicht trauen, hatte selbst jahrelang welche zu betreuen

), dass ich keine Optionen manuell geändert habe. Einfach die Dateien hochkopiert und upgedatet.
Eine Kopie der alten serendipity_config... habe ich nicht, weil ich nach 2 problemlos umgestellten Blogs beim Dritten (hüstel) kein Backup gemacht habe. Hat sowieso nur wenige Beiträge.
Bei den beiden anderen Blogs hatte ich im Zuge eines Server- und damit verbundenen Datenbankversionswechsel das gleiche Problem, das ich damals auf gleiche Weise behoben habe.
Allerdings habe ich anschließend bei Trackbacks zu Isotopp und Robert Lender bemerkt, dass meine Umlaute dort als Schrott angezeigt werden. Aber das hat nichts mit der neuen Version von s9y zu tun.